PS3各モデルまとめ

かなり参考になると思います。一部wikiから引用
上から60，20,40GBです。

無線LAN　スロット　USB端子　PS2互換　PS1互換　　最大消費電力　色　　　○　　　　　　○　　　　　４個　　　　　○　　　　　○　　　　　３８０W　　　　黒　　　
　×　　　　　　×　　　　　４個　　　　　○　　　　　○　　　　　３８０W　　　　黒　　　　○　　　　　　×　　　　　２個　　　　　×　　　　　○　　　　　２８０W　　　　白・黒　

ハードディスク（HDD）の容量が異なる
HDDの容量が小さい20GB版では体験版やダウンロード版などで容量を圧迫する恐れがあるため、HDDの空きが無くならないよう注意する必要があります。
ただし、いずれもモデルでもパソコンショップなどで販売しているHDD（2.5'' 9.5mm SATA）にユーザーの手で簡単に交換できるため、HDDの容量が小さいモデルを購入しても問題ありません。
HDDの換装作業に自信がない方は、HDDの容量が大きい60GB版にしたほうが無難です。

40GB版には「PS2との互換性が無い」
40GB版ではPS2のゲームをすることができません。
アプコンを用いて大きめなHDTVでもキレイにPS2のゲームで楽しみたい方は20GB版や60GB版にしましょう。
逆に、PS2を所持している方は本体価格が安い40GB版がオススメです。
尚、PS1のゲームは全モデルで対応しています。

20GB版と40GB版にはMS/SD/CFスロットが無い
60GB版にはメモリースティック・SDカード・コンパクトフラッシュスロットが付いており、これらのカードにデータ保存などを行うことができます。
20GB版や40GB版でも外付けのカードリーダーを用いることでMS/SD/CFカードを利用できますし、USBメモリでも代用できるため、MS/SD/CFスロットが標準装備されていなくても問題ありません。

20GB版には無線LAN（IEEE802.11b/g）が無い
無線LANを用いることで、ワイヤレスでオンライン環境を構築できたり、無線LAN経由にてPSPからリモートプレイでPS3を操作することができます。
無線LANがない20GB版でもインターネット経由でリモートプレイが可能です。
なお、有線でオンライン環境を構築している＆PSPを所持していない（購入予定がない）場合、無線LANは必要ありません。

40GB版では最大消費電力が約100W削減
20/60GB版では最大消費電力が約380Wでしたが、40GB版での最大消費電力は約280Wとなりました。
ピーク時（Folding@home動作時）での消費電力は20/60GB版では約215W前後で40GB版では155W前後、XMBで何も操作しないアイドル時での消費電力は20/60GB版では約170W前後で40GB版では約120W前後と、いずれも約3分の2に削減されています。
ちなみに、20/60GB版では90nmプロセスのCellが搭載されていますが40GB版は65nmプロセスになり、消費電力の低下などに伴い40GB版は放熱量も低下しています。
※ 本体設定や再生するソフトの違いなどによって、上記の消費電力は1割程度の誤差が生じる場合もあります。

40GB版は静音化
40GB版は放熱量の低下によって熱処理が楽になったため、ファンの数も減っています。
20GB版・60GBの最大騒音レベル（ファンの回転数が最大時）が36dBだったのに対し、40GB版は30dBへと静音化されています。

40GB版ではUSBスロットが2つに削減
20GB版と60GB版ではUSBスロットが4つありますが、40GB版では2つに削減されました。
有線コントローラー・PlayStation EYE・USBヘッドセット・USBキーボード/マウスなど、3つ以上のUSB機器を同時接続する場合は外付けのUSBハブを使用する必要があります。

40GB版ではSACDに未対応
40GB版ではSACDを再生できません。
PS3でSACDを聴きたい場合は20GB版や60GB版を利用する必要があります。

３モデル共にワイヤレスコントローラ（DUALSHOCKR3）は別売
値下げ当初、60G版は品薄だったが現在は在庫有り店多し
近い将来、ワイヤレスコントローラ（DUALSHOCKR3）が同梱されると思われる。
40G版は、将来ソフトウェアエミュレーションによる互換提供も無しと思われる。